Untuk merealisasikan visi dan misinya, Pesantren Anak Yatim Al-Bisri Surabaya mengembangkan beberapa program, antara lain:
- Pendidikan Formal: Memfasilitasi pendidikan formal santri mulai jenjang Sekolah Dasar (SD), SMP, SMA dan bila berprestasi sampai ke Perguruan Tinggi.
- Pendidikan Informal (TPQ/ Madrasah Diniyyah Usia SD-Dewasa): Baca Tulis Al-Qur’an, Hafalan Al-Qur’an, Al-Asma al-Husna, Fiqh, Hadits, Bahasa Arab, Kajian Kitab, Bimbingan Ibadah, Bimbingan belajar, dll.
- Pengembangan Minat dan Bakat: Olahraga, Seni Baca Al-Qur’an, Shalawat Al-Banjari, Keterampilan, Kewirausahaan (Enterpreunership), Pelatihan Komputer dan Internet maupun bidang penunjang life skill lainnya.
- Peningkatan Kesehatan & Kesejahteraan : Pemenuhan Asupan Gizi Empat Sehat Lima Sempurna, Program Pemeriksaan Kesehatan Rutin Triwulan, Uang Saku Sekolah, Tunjangan Prestasi, Paket Liburan, Santunan dan Parcel Hari Raya.
- Majlis Ta’lim dan Silaturrahim, Pengurus, Donatur, Santri Asuh dan Santri Binaan serta Masyarakat.
- Layanan Dzikir & Do’a bersama tiap hari Kamis malam Jum’at.
- Layanan Dzikir dan Do’a bersama Donatur, Khotmil Qur’an, Undangan Tasyakuran, dll.
- Melayani Pengurusan Pendaftaran Haji dan Bimbingan Manasik Haji Program Khusus TARWIYAH (Sesuai dengan cara Haji Rasulullah SAW) bekerjasama dengan KBIH TAKHOBBAR.